Jeg havde præcis dette problem. Jeg løste det ved at gå ind i Firefox->Settings->Advanced->Open links in apps og satte den til “Ask before opening”.

Efter dette, kunne jeg trykke “Åben app” inde på MitID login siden og efter en bekræftelse fra Firefox at jeg gerne vil åbne appen, så fik jeg mulighed for at logge ind.

Min kollega fik det også til at virke sådan.